Jonathan ist schon von acht Internaten geflogen. Als er in Leipzig ins Internat kommt, nimmt sich der Internatsleiter Justus seiner an. Und auch die Jungs aus seinem Schlafsaal werden schnell seine Freunde: der besonnene Martin und der schmächtige Uli ebenso wie der experimentierfreudige Kreuzkamm junior und der stets hungrige Kraftprotz Matz. Die vier zeigen Jonathan ihren Geheimtreff, einen alten Eisenbahnwaggon auf einem Brachgrundstück, als sie von einem mysteriösen Mann, dem "Nichtraucher" überrascht werden, der ebenfalls einen Schlüssel zu ihrem Eisenbahnwaggon besitzt...Der "Nichtraucher" ist aber nicht der einzige, der Jonathan und seine Freunde in Atem hält. Da gibt es auch noch die Externen, mit denen die Internatsschüler ständig im Clinch liegen und deren hübsche Bandenchefin Mona. Und schließlich ist da noch der Text zu einem Theaterstück namens "Das fliegende Klassenzimmer", den die Jungs zufällig im Eisenbahnwaggon gefunden haben. Als sie sich mit Begeisterung auf die Proben für die anstehende Weihnachtsaufführung stürzen, ahnen sie noch nicht, dass sie damit in alten Wunden bohren und eine Kette turbulenter Ereignisse auslösen.
Das fliegende Klassenzimmer unter der Regie von Tomy Wigand ist bereits die dritte Verfilmung des Kinderbuchklassikers von Erich Kästner und landet mit seinen zeitgemäßen Rap-Einlagen endgültig im Techno-Zeitalter.